温棚栽培芹菜，常受斑枯病、叶斑病、菌核病和软腐病等病害的危害，影响芹菜生长。降低产量和品质。因此，对芹菜病害应采取综合防治措施，主要抓好以下几点。
一、实行轮作。实行2－3年的轮作，可减少病原物的积累，减轻病害的发生。
二、搞好种子处理。用48℃的温水浸泡种子30分钟，可有效杀死附着于种子上的斑枯病和叶斑病病菌。浸种时应不断搅动使之均匀受热，浸种后用清水淘洗，晾干后播种。如果种子里夹有菌核，可用10％的盐水漂除，随后用水冲洗，以减少种子带菌。值得注意的是，温汤浸种对芹菜种子发芽率稍有影响，播种时用种量应增加10％－20％。
三、实行覆膜栽培。覆膜栽培有限制菌核病传播的作用。覆膜免耕还可减少植株损伤，从而减轻软腐病的侵染。
四、严格控制温湿度。高温高湿是芹菜病害发生的重要条件。温室芹菜在入冬后白天应控制在15－20℃。夜间控制在8℃。温度偏高时应及时放风，偏低时应增加覆盖物。浇水要适宜，宜选在晴天上午进行。浇水后结合降温进行放风排湿，防止湿度过大。阴天或低温天气要避免浇水。土壤过湿时可撒干细土降低湿度。
五、合理施肥。要施足底肥并增施磷钾肥和硼肥。培育出健壮的植株，提高自身的抗病力。
六、适时施用药剂。如发现中心病株，应立即拔除，并随即全面施药防护，控制病情，防止蔓延。一般7－10天1次，连续用药2－3次。对斑枯病可选用75％百菌清可湿性粉剂600倍液、64％杀毒矾可湿性粉剂500倍液、65％代森锌可湿性粉剂500倍液等喷防；对叶斑病可选用75％甲基托布津可湿性粉剂600倍液、50％多菌灵可湿性粉剂500倍液、70％甲基托布津可湿性粉剂800倍液等喷防；对菌核病可选用50％速克灵可湿性粉剂1500倍液、50％多菌灵可湿性粉剂500倍液等喷防；对软腐病，在拔除病株后撒石灰于病穴消毒，同时选用72％农用硫酸链霉素粉剂4000倍液或20％络氨铜水剂400倍液全面喷防。
在冬春阴雨、冷湿条件下，在棚室施放烟剂防治病害，不增加湿度，效果优于喷雾法，且防治较为彻底。对斑株病可选用45％百菌清烟剂，每次每667平方米用药250克；对菌核病可选10％速克灵烟剂，每次每667平方米用药250克。施药方法：于傍晚将烟剂发点布放在室内过道上，由里往外逐一暗火点烯，着烟后立即密闭过夜。一般7－10天施放1次，连续施放2－3次.
