首先，消毒是对已污染的环境所采取的必要的补救措施，而没有预防环境污染的作用，更不可能对疾病的治疗有任何的意义。因此尽可能地减少污染和控制污染源才是唯一有效的方法。就好比常用的脱毒剂，只是对霉变的饲料原料的一种补救处理，效果有多好，意义有多大，每个养猪人心里有一杆秤，购买到没有毒素的原料才是最有效和最关键的措施。
其次，任何的消毒剂对畜禽或人都是有危害的，这是消毒剂本身的性质所决定的。因为消毒剂对病原微生物都具有直接杀灭或抑制其生物活性的作用，其作用的机理就是使病原体蛋白变性或溶解而丧失治病能力，所以凡是具有灭菌作用的消毒剂，无疑对动物机体也都有一定的毒副作用，如组织腐蚀、吸收中毒、特异性致敏等。具体表现在：
1.造成动物和人的健康危害：很多消毒剂都有刺激性，例如甲醛、过氧乙酸、含氯消毒剂等，有的刺激眼睛，引起流泪、水肿；有的刺激呼吸道，引起打喷嚏、咳嗽、气管和喉头水肿；有的引起皮疹和使动物烦躁不安等症状。如常用的紫外线灯消毒，很容易损伤人的眼睛，引起眼炎和白内障，照射久了还有引起皮肤癌的危险。
2.成为某些疾病的帮凶：猪的呼吸系统和消化系统是与外界相同的，我们对饮水消毒的时候，就是在对猪的消化系统黏膜做破坏，所以对猪的消化吸收功能影响很大，甚至会诱发肠道疾病。当我们做带猪消毒时，雾化的消毒液通过猪的呼吸对呼吸系统黏膜造成伤害，可能导致猪的第一道天然防御屏障的不完整性，从而使得致病菌能够长驱直入，侵害猪的呼吸系统。这就是为什么喷饭消毒的猪场饲料报酬低、呼吸道疾病严重的原因之一。同时，消毒工作的本身对猪也是一种应激。
3.损伤器具：很多消毒剂腐蚀性都是很强的，如石灰水、苛性钠、过氧乙酸等对金属围栏、金属饲槽等有很强的腐蚀性，被腐蚀的器具，很容易污染和存留细菌病毒，如破伤风杆菌等。
4.降低环境的自净能力：在自然环境中有许多有益的微生物可分解畜牧场排出的有害微生物可将它们分解成无害的水、二氧化碳等简单的无机物，使有害微生物失去了宿主而死亡，从而使环境得到净化。在频繁和不规范的消毒情况下，有益微生物也被杀灭，而一些耐药微生物会更加猖獗，大量的繁殖并扩散，对人类和动物生产造成严重的危害。
5.导致病原微生物抗逆性增强：长期大量的使用消毒剂，会使消毒效果明显降低，甚至完全失效。例如，在污水中已经发现了含有抗甲醛的绿脓杆菌、肠球菌和伤寒杆菌，对季铵盐类产生耐受性的葡萄球菌、白色念珠菌。所以在养猪生产中合理使用消毒剂应该引起高度重视。
6.可能引起生物变异：消毒剂的长期大量应用，会促使生物遗传物质发生突变，这种突变是很细微的，但经过数代甚至多代以后，量变引起质变，可能出现新的有害变种。
其三，消毒剂残留及对环境的破坏也不容忽视。中国环境科学研究院潘涔轩博士说过，含氯消毒剂在消毒过程中，主要是靠次氯酸的强氧化性来杀灭病原微生物的，但在上世纪70年代左右，人们就发现氯制剂在消毒过程中会生成有机氯化物。国际上亦已证明，这种物质对人的身体健康会造成不良影响。它会长时间滞留在环境中，很多情况下还会进入食物链，通过生物富集作用，产生危及人类健康的潜在危害。
总之，消毒时有毒副作用的，不要盲目消毒，更不要过度消毒。完全消灭病原微生物是不可能的，也是不现实的，更是没有必要的，如何在你的猪场建立一个健康的微生态系统才是最重要的。同样的道理，不是任何成功的消毒方案都可以照搬照抄的，就好比防疫程序，还是那句老话，有效的才是经济的，适合你的才是最好的！