使病菌产生抗药性，形成耐药病菌 如葡萄球菌在长期接触青霉素后，产生抗青霉素的水解霉，破坏青霉素，从而形成一种耐药金黄色葡萄球菌，给临床治疗增加了困难。
引起双重感染 正常动物机体的消化道、呼吸道及生殖泌尿系统内寄生着多种细菌，这些细菌之间相互制约，维持平衡共生状态。如果长期或大量乱用抗生素，会使敏感的细菌生长繁殖受到抑制，而不敏感的细菌大量繁衍，产生新的感染，即双重感染。
产生毒性反应 抗生素应用剂量过大可引起畜禽神经肌肉冲动传导阻滞，诱发呼吸肌肉麻痹，呼吸抑制，肢体瘫痪，甚至死亡。
引起人的中毒或过敏 长期或大量应用抗生素，可使畜禽肉、奶等可食产品中残留大量抗生素，人吃后会引起中毒或过敏。