破坏肠道细菌(消化系统)的生态平衡 抗生素能够治病是通过它杀死或抑制细菌的生长来达成的，但它对细菌的杀灭作用是没有选择性的，也就是不管是有益还是有害的细菌它同样杀灭，这就造成用药的同时把很多对猪消化吸收有帮助的细菌如双歧杆菌、乳酸杆菌等也消灭了。猪体从采食饲料中得到的营养如氨基酸、钙、磷、糖等等是由肠道吸收的，其中小肠是直接吸收器官，大肠则是通过对食物酵解(发酵)来完成对养分的吸收，同时制造了部分体内所需要的营养如维生素，这个过程必须有（前面说到的有益菌）参与才能顺利完成，否则就会出现消化吸收不良而诱发肠胃病、生长发育不良等症状。
形成药物依赖或耐药性 由于长期滥用药物，导致猪体内有益细菌得不到繁殖，肠道生态处于一种不平衡状态，一旦有害细菌如大肠杆菌，沙门氏菌等适应了药物(产生耐药性)，遇到环境变化(应激)或停药，此时有害细菌就会大量繁殖而导致发病，这时候采用药物治疗效果就会大大降低，甚至完全失效。
过量用药会导致内分泌失调 实践证明长期大量使用抗生素，会导致动物体内酶系统分泌能力下降，从而直接影响食物的消化、吸收、转化效率。