一、采用适宜的贮藏容器。蜂蜜是弱酸性液体，应采用非金属容器，如缸、木桶、无毒塑料桶等进行贮藏。在蜂蜜产量较高的地区，可建立蜂蜜贮存池，也可用木桶或水缸存放，所有容器必须是不带异味的。
贮蜜容器要清洁卫生，彻底洗净擦干，贮藏蜂蜜不能过满，特别是在运输时要留出25%-30%的空档，以防蜜汁发酵外溢或受热振荡时胀破容器，造成损失。蜂蜜要放在干燥、清洁、通风和无异味的室内，室温保持在5-10℃。
二、分品种贮藏。我国各地蜂蜜种类不一，同一地区也有不同品种，如紫云英蜜、油菜花蜜、柑桔花蜜、荆条花蜜、枣花蜜等。每种蜜有各自的特色和风味，适合不同消费者的需要，因此分品种贮藏，以保持色，防止混杂。
三、保持蜂蜜洁净。蜂蜜中常含有花粉块、蜡片、蜂翅、蜂尸，以及灰砂等。洁净的办法是将蜂蜜放在较高的大桶内，静置于温度较高、干燥的室内沉淀。沉淀所需时间视具体温度而定，一般20℃时需3天，35℃时只需10小时，这时比重大的杂物就会下沉，纯净的蜂蜜浮在上层，即可捞出另行贮藏。
四、防止蜂蜜发酵。蜂蜜内常有酵母菌存在，不成熟的蜂蜜，含水量大，最适宜酵母菌的生长。因此，贮藏之前需加以处理。方法是将蜜盛入大口容器内，敝开放在干燥、通风、温度在25℃以上的室内静置数天，就可蒸发掉多余的水分，等完全成熟后再贮存。
五、防止蜂蜜吸湿吸味。据试验，蜂蜜的吸湿力很强，即使是成熟蜜也会吸湿发酵，所以保存容器要密封并置于干燥、通风、室温5-10℃的室内，室内不可放置有强烈气味的物品，以防蜂蜜吸收异味。
六、蜂蜜的结晶。结晶是蜂蜜的又一特征。结晶后的蜂蜜有利于贮藏和运输，为加快结晶，可在蜜中拌入约0.5%的陈蜜，但供应市场的蜂蜜，必须保持外观透明、流质状态，对结晶的蜂蜜解冻，可用双层锅架热处理，处理时外层灌水，内层装蜜，待温度达71℃时，保持数分钟，然后去火，静置1天，就可撇去表面泡沫，装入消过毒的玻璃瓶中，严密封盖，即可防止结晶。