药用昆虫在采收后贮藏备用的过程中，容易发生害虫蛀食，如果进行药剂或物理机械防治，不但会破坏药物成分，改变药理功能，而且直接煎熬或外用都可能会对人的健康不利。
保护昆虫药材不遭虫害的最佳选择，应以防重于治为上策，把重点放在“管”字上。
1.加强检疫。严格遵守《检疫法》，如发现检疫对象的危险性害虫，应及时采取对策，就地消灭。
2.“防患于未然”是管理昆虫药材的最佳决策。只要做到干、净、严三方面，不但可防止虫蛀，还可防止霉烂变质，充分发挥其治病功能。
①干。除指定使用浆液的昆虫药材及其制品外，贮存前应使其充分干燥。因蛀食性害虫的发生、繁殖都需要一定的湿度，干燥的环境则减少其生活及栖息源地，从而起到防蛀作用。
②净。采收后的昆虫药材，在晾、晒过程中必须捡出杂物、污物。有些害虫属喜土壤、粪便的种类，药材贮藏前应用常温清水洗净，充分晾干后再收藏。一般仓库害虫的共性是喜污物、异味、杂乱的处所，只要药材本身洁净，则很少招来虫害。
③严。有些含脂肪多，表皮层较薄的易受虫害的昆虫药材，应保存在容器中，容器的口要封严防湿，并放在清洁、温湿度变化小的地方保存，经常检查，可防虫、防霉变。