随着农村沼气池的大力推广，农户在使用沼气池的过程中，经常会遇到这样或那样的故障发生，主要有：
一、沼气发酵故障
1、启动投料后长久不产气，或有气烧不着。则开始产气正常，以后产气又下降。原因：发酵料酸化或发酵料不足，池中温度下降。方法：用石灰水或草木灰调节PH值7-7.4，补充接种物。采取保温措施，增加投料量。
2、产气正常，加料后反而不产气。燃烧时出现红火焰，调整灶具无法消除。原因：发酵原料中混入了有毒物质（如农药类）。沼气中二氧化碳含量高，发酵液出现酸化趋势，料液浓度偏高。方法；重新换料。调节PH值待PH值自行恢复至中性，加注新鲜水。
二、输气管路故障
1、压力表的压力高，一用气压力急剧下降，火力弱甚至点火不着，关上开关压力立刻回升到原位。打开开关，压力表指针跳动，火力时大时小。原因：导气管或三通堵塞，输气管受压或被折转，管路不畅通。输气管有冷凝水存积，产生水阻。方法：检查管路及时疏通。排除积水，安装排水装置，理顺折角。
2、关闭开关时，压力表指针跳动。压力表压力高，但火力不大，燃烧缓慢。原因：导气管、三通或开关漏气。开关，三通管道内径不合规格，造成输气不畅。输气管路太长，压力损失大。方法：查出漏气部位及时修补。消除开关三通阻隔，适当加大管径，就近建贮气浮罩池。
三、沼气池故障
1、压力低时压力表上升快，压力高时压力表上升慢，当到一定压力时就不再上升。原因：沼气池漏气，或当沼气池气箱和发酵间交接部位有漏洞，零压水位低，沼气从溢料口泄漏。方法：清理沼气池，修补漏洞或重新粉刷密封，加入发酵原料和水，提高零压水位。
2、压力表压力虽高，但气很快烧完。原因：池内装料太满，水压箱体积太小。方法：清出部分料液，使零压液面与水压箱底齐平，扩大水压箱容积。
四、灯、灶具故障
1、压力表压力虽高，但火力不足，沼气灯很难达到白炽化或纱罩只亮半边，原因：进气量未调节好，沼气中甲烷含量低，灶具火板或沼气喷咀堵塞。方法：调整沼气的风门，使沼气与穴气比例适当，疏通堵塞处，重新更换纱罩或喷嘴。
2、电子点火有火花，但不着火。或点火时，灯、灶具在打火时又没有火花。原因：管路堵塞不畅。电池未装端正，线路有故障、瓷针距离偏远。方法：检查管路有无堵塞，调节灶具路，让气体通过点火位置。检查电池是否装到位，线路有无漏电现象，调理瓷针距离。