搞好环境卫生，防止球虫卵囊的扩散。自然状态下，鸡球虫病在我国北方一般流行于4月～9月的温暖、潮湿季节，七八月份最严重。在温暖潮湿的育雏器中，一年四季都有发病的可能。鸡舍内阴凉潮湿、卫生条件不良、消毒不严、饲养管理不善等因素是造成球虫病流行的主要诱发因素。如温暖、潮湿的环境有利于球虫卵囊的发育和扩散，而圈舍通风好、饲养管理强、粪便及时清除、定期消毒、圈舍干燥和适当的饲养密度等则可有效防止该病的发生。
药物防治 合理使用药物预防，在球虫病高发日龄，使用敏感抗球虫药物是预防该病的重要手段之一。当前使用的抗球虫药，多是抑杀球虫发育史的早期阶段，而出现便血症状时，球虫发育基本完成了无性生殖而开始进入有性生殖阶段，此时用药，只能保护未出现明显症状或未感染的鸡，而对出现严重症状的病鸡，很难收到效果。因此到了雏鸡易感日龄14天后或流行季节，应在饲料或饮水中投药进行预防，常用的有磺胺喹沙林（0.02%）、呋喃唑酮（0.0055%~0.011%）、土霉素（0.02%）、氯苯胍（0.0033%）、球痢灵（0.04%~0.0125%）等。对发病的鸡可用磺胺二甲嘧啶按0.5%的比例拌入饲料中，连喂3天、停2天后再喂3天，也可用呋喃唑酮0.01%的比例拌入饲料中，连喂5天、停2天后再喂。
药物防治时应注意用量准确，以防药物中毒。长时间用药易产生抗药虫株，因此用药时最好几种药物交替使用。
对症治疗 对发病鸡群进行隔离治疗，除用药治疗外，还应加强饲养管理，改善饲料的营养成分，添加维生素A、D、E、K，以增强鸡体体质，减少鸡只死亡。
正确使用疫苗防治
目前，用于鸡场计划免疫的球虫活苗有早熟、中熟、晚熟及早、中、晚熟系联合球虫苗四类。球虫活苗的免疫方法有滴口法、喷料法、饮水法及喷雾法等，以滴口法为最佳，可确保100%免疫，但对于大鸡场则有些不便且应激大;喷雾法较适用于设备先进的孵化室，饮水法和喷料法是大鸡场较为适用的免疫方法。