首先要充分了解兽药，科学用药。一般肉鸭发病有的是由病毒引起的，如鸭瘟、鸭肝炎等；有的是由细菌感染的，如浆膜炎、大肠杆菌病等。病毒病常采用干扰素、血清、卵黄抗体、黄芪多糖等药物治疗，细菌病选用高效的抗菌药物进行治疗。肉鸭用药治病，要掌握中药和西药相结合、抗病毒和抗菌病相结合的原则，不能盲目大剂量给药。
其次是制定合理的给药方案、给药方式。肉鸭用药上首先要结合病情制定合理的给药方案，最好在兽医的指导下进行。用抗菌药治病时必须有合适的剂量，间隔时间及疗程。疗程应充足，一般的感染性疾病可连续用药3－4天，症状消失后，再巩固1－2天，以防复发，磺胺类药的疗程更长。
再就是定期消毒，加强免疫。定期进行消毒对防治鸭病具有积极作用。应该选用有机氯等高效低毒的消毒药，目前用于肉鸭养殖场环境消毒的药物有：醛类（甲醛、戊二醛）、碱类（如烧碱、生石灰）、卤素类(氯制剂有漂白粉、消毒王、灭毒威等)、过氧化物类（如过氧乙酸）、季胺盐类（如百毒杀）。制定消毒程序，一般10－15天进行一次带鸭消毒，5－7天一次环境消毒。同时，疫苗预防必不可少，要加强疫苗的防疫，结合当地疫病制定合理的免疫程序，虽然肉鸭生长周期短，但是药物预防不能代替疫苗预防。