肉鸡肠毒综合症是商品肉鸡群普遍存在的一种以腹泻、粪便中含有没消化好的饲料、采食量明显下降、生长缓慢或体重减轻、脱水和饲料报酬下降为特征的疾病。该往往被肉鸡饲养户错误地认为是一般的消化不良，或单一的小肠球虫感染。多种资料表明它是由多种病因导致的一种综合症。
关于病原
原因由多种说法，可能原因为：
1 血糖低 可能是因为
2小肠球虫和厌氧菌厌氧菌
小肠球虫在肠黏膜上大量生长繁殖，导致肠黏膜增厚，严重脱落及出血等病变，使饲料不能完全消化吸收，同时，对水分的吸收也明显减少，尽管鸡大量饮水，也会引起脱水现象。这是引起肉鸡粪便变稀，粪中带有没消化的饲料的原因之一。小肠球虫在粘膜细胞里快速生殖引发，因球虫的大量增殖需要消耗宿主细胞的大量氧 ,导致小肠粘膜组织产生大量乳酸，使得肉鸡肠腔内PH值严重降低，由于肠道PH值的改变，有益菌减少，有害菌大量繁殖，继发感染细菌、病毒等，导致消化功能障碍，肠道微生态平衡破坏，继而引起厌氧菌感染，进一步恶化消化道内环境，引起混合感染，使病症加剧，造成大批死亡。肠道内容物PH值的下降，会使各种消化酶的消化能力下降，饲料消化不良。另外，PH值的下降，会刺激肠道黏膜，使肠的蠕动加快加强。消化液排出增多，消化时间减少，导致饲料消化不良。由于肠的蠕动加快加强，胆囊分泌的胆汁迅速从肠道排出，与没消化的饲料混合在一起，形成该病的特征性粪便—略带浅黄色的粪便。
3病毒 说法不一，分离到病毒可能是多样的。主要为冠状病毒、沙粒样病毒为主导。
4 应激
5 饲料中维生素、能量和蛋白质的影响：在调查中发现，饲料营养越丰富，发病率越高，症状也越严重，品质较低的饲料相对发病率较低。这是因为，在球虫与细菌的混合感染中，大量的能量，蛋白质和部分维生素促进二者大量繁殖，加重症状。
6、电解质大量丢失：在该病发生的过程中，球虫的细菌大量快速生长繁殖，导致消化不良，肠道吸收障碍，电解质的吸收减少。同时，由于大量的肠黏膜细胞迅速破坏，使电解质大量丢失，出现生理生化障碍，特别是钾离子的大量丢失，会导致心脏的兴奋过度增强，是肉鸡猝死症的发病率明显增多的原因之一。
5、自体中毒：在发病的过程中，大量的肠上皮细胞破裂脱落，在细菌的作用下，发生腐败分解，以及虫体死亡、崩解等产生大量有毒物质，被机体吸收后发生自体中毒。从而在临床上出现先兴奋不安，后瘫软昏迷衰竭死亡的情况。
临床症状
发病初期，鸡群没有明显的症状，精神正常，食欲正常，死亡率也在正常范围之内，初期个别鸡的粪便稀，不成形，粪便中有未消化的饲料。随着病情的延长，整个鸡群大部分拉稀，粪便略显浅黄，或浅的黄绿色，有的呈脓样鱼肠子，或黑芝麻糊样或拉带血丝西红柿样粪便，大群发病 2-3天后鸡群采食量开始明显下降。此病到中后期，个别鸡会出现精神兴奋，乱跑乱撞尖叫，头震颤之后瘫痪昏迷衰竭死亡。
流行特点
此病多发 25-45天的肉鸡，一般地面平养早发、网上平养晚一些，密度过大，温度过高，通风不良，卫生条件差等均能促使该病多发，症状加重，治疗效果差。如果此病发生较为严重的鸡群，猝死症的发病率会明显上升（它是由于大量的肠粘膜细胞迅速破坏，使电解质大量丢失，会导致心脏的兴奋性过度增强而死亡）。
剖检病变
心包积液，心肌变软，主要病变表现在肠道，前期肠道用手触摸时，感觉肠壁特别硬，肠管内无饲料，剖开肠道，自动外翻，肠粘膜表面像撒过一层麦麸似的，中后期小肠的浆膜表面有针尖至绿豆粒大小的红色出血点，肠壁变薄，粘膜脱落，肠内容物呈粘脓样。