20世纪90年代后，中国粮食供需格局发生了较大转变，粮食生产地域重心由南向北、由东向中逐步转移，之前“南粮北调”也已转化成“北粮南调”的态势，南方随着工商业经济发展逐步由粮食产区转化成销区，人均粮食占有量不断下降，供需缺口越来越大。在当前粮食需求刚性增长、气候日趋恶劣灾害天气频发以及国际粮食价格动荡影响下，像中国这样一个人口大国，粮食生产供应地区过于集中、地区产需发展的不平衡无疑会加剧国内粮食安全的隐忧，因此需重视地区供需均衡发展，尽量采取措施缓解区域产需矛盾。
国内部分地区的经济发展中一直存在重工轻农的态度，农户种植收益较低，种植积极性也难以提升，再加上工业用地扩张以及城镇化、房地产的发展也侵占大量农田，导致部分地区粮食生产下滑；而同时人口也大量涌入这些经济较为发达地区，粮食需求却增长较快，这种现象尤其在我国南方地区表现十分突出。广东粮食自给率不到40%，是第一主销区，而“鱼米之乡”浙江粮食自给率下降为42%左右，仅次于广东成为中国的粮食第二主销区。生产的下滑和需求的刚性增长之间的缺口主要靠来自北方粮食南运供应弥补，并辅之以进口粮调剂，北粮南运成为保证全国粮食供需平衡的主要手段。尽管目前国内粮食供应基本能满足国内需求，但这种产需格局的缺陷正随着经济的发展、需求的增长而日益明显。
首先，以“北粮南运”为代表的粮食跨省调运数量庞大，其物流运输效率低、速度慢，粮食运输时间过长。据估算，从东北地区的粮食运往南方销区一般需要20-30天的时间。而南方销区由于产粮水平的下降，粮食仓储设施严重不足，一旦南方的粮食供应紧张，而北粮未能及时到达，南方粮价就可能迅速上涨，进而将波及全国。
其次，运输成本也较高，据粗略估算，东北粮食经过长途运输到达南方销区的运输费用占到销售价格的30%左右，这使得政府调控粮食市场的压力增大，同时也削弱了北粮在南方市场的竞争优势，从而增加了粮食企业经营的风险，一方面，这就可能导致粮食企业压低农户粮食收购价格以降低成本，最终农户很大部分种植收益包括政府补贴被流通环节所侵占，影响生产者的积极性。而另一方面，由于国内粮食市场的对外开放扩大，国外低成本的进口粮食影响也在加大。国内居高不下的运输成本使得其销售价格缺乏竞争力，从而为进口粮食的大举涌入提供契机，对国内整个粮食市场形成冲击，影响国内粮食生产和发展。
最后，北粮大量南运，国家调控压制着国产粮食价格，同时低价进口粮也在逐年增加，长此以往南方销区对粮食生产的忽视将得到强化。近年来，国内９个粮食产销平衡省区的粮食产销供求形势也出现变化，粮食供求形势普遍从基本平衡转向缺口不断增大，有些省区甚至开始从产销平衡区向粮食销区转化，外调粮比例不断增加，这种威胁粮食安全的趋势不容忽视。目前在中国南方很多地方，农民弃耕现象仍比较普遍，而且很多都是一年两熟至三熟的高生产水平优质耕地，任由此种状况发展的话，粮食区域产需矛盾将会进一步加剧，对国内未来粮食生产供应也将带来不利影响。
当前全球气候条件恶劣，极端天气频频发生，中国乃至全球粮食生产时刻面临着威胁，粮食危机正得到全世界人民的警惕，再加上大量国际游资令国际粮价波动剧烈也对中国国内市场有传导作用，中国作为一个人口大国，对国内粮食安全问题必须高度重视。除了加大农业投资切实提高农民收益外，国家粮食安全仍需重视地区供需均衡发展，尽管目前的国内粮食供需格局是经济发展的大势所趋，但国家也需采取措施尽力缓解粮食区域产需矛盾。一方面，南方销区地方政府必须对农业生产真正重视起来，停止侵占良田，加大对农户的补贴，做好相关配套工作如基础农田建设等，提供优惠政策鼓励粮食生产，尽量减少对外以来，提高自给自足率。另一方面，其次，北方产区在保障南方粮食需要的前提下，需对当地粮食产业结构升级，提高产品的附加值，增加粮食深加工产品的外运或者出口，以获得更大的粮食生产经济效益，促进产区农业的发展。当然除此之外，提高国内粮食运输效率降低运输成本也是势在必行，国家粮食安全问题需要多方面的协调完善发展。