5月18日，日本宫崎县知事东国原英夫召开记者会，就该县口蹄疫疫情扩大问题，宣布进入紧急状态。他表示：“目前无法阻止疫情扩大。不排除将蔓延至整个九州甚至全国的可能性。”
截至18日，日本宫崎县内发生口蹄疫疫情的农场已达126处，被宰杀的牛和猪超过11.4万头，但疫情尚未扩大到其他县。此次疫情在日本国内造成的损失程度前所未有，目前尚无平息的迹象。
宫崎县政府日前宣布，统一管理“宫崎牛”这一知名品牌种牛的该县家畜改良事业团（高锅町）发现了5头肉牛疑似感染口蹄疫，因此将处理259头肉牛和49头种牛（有报道说，宫崎县总共只有55头种牛）。据JA宫崎中央会会长羽田正治指出，口蹄疫造成的经济损失总额估算约160亿日元（约合11.8亿元人民币）。
18日，日本农林水产大臣赤松广隆在内阁会议后对记者表示，“正在研究各种措施”防止疫情继续扩大。他谈到可能采取的手段包括：在疫区使用疫苗、在尚未出现感染家畜的农场也实施预防性全面宰杀等。
日本家畜专家指出，疫情正在扩大，对家畜的处理跟不上是个大问题。18日晚，日本农林水产省召集专家会议，一部分专家认为应考虑使用疫苗，疫苗会缓解口蹄疫的症状，避免家畜的进一步感染。但也有专家认为，如果使用疫苗的话，不能区分已感染的家畜和接种了疫苗的家畜，不好采取进一步的应对措施，也不能确定感染源。农林水产省将根据专家意见，与宫崎县进行协商后采取对策。
由于口蹄疫疫情持续扩大，日本政府决定成立由首相鸠山由纪夫领导的对策总部，政府向宫崎县派遣工作组，农林水产省副大臣山田正彦和首相助理小川圣也等官员将常驻宫崎县进行一线指挥，尽全力防止疫情进一步扩大。
工作组由三个小组组成，分别负责防止疫情扩大、向农户等提供经济援助以及相关部门间的协调。政府还在研究如何加大防疫力度，包括增设消毒点和强化在高速公路附近的消毒。此外，向蒙受损失的农户发放补贴及简化相关手续等工作也将尽快落实。
东国原还要求疫区的普通居民尽量减少不必要的外出，并提议即使在疫区以外，大量人员聚集的活动及会议也要“尽可能延期”。东国原宣布紧急状态并无法律依据，他表示“现阶段只是为了提醒县民认识到事态的严重性”。
日本农林水产省官网介绍，今年4月20日，在宫崎县发现第一例口蹄疫的疑似病例，之后，在宫崎县的五个市镇的农场接连出现疑似病例。宫崎县政府表示，3月底该县都农町某农场的兽医曾向家畜保健卫生所报告，称“农场的水牛出现不明原因的腹泻症状”。卫生所立即前往检查，采集了粪便样本等，但未发现水牛有口腔溃烂等口蹄疫典型症状，因此没有进行基因检测。随后，在对3月底采集的样本进行基因检测时，发现了口蹄疫呈阳性反应。
有意见认为，如果及时进行了基因检测，卫生所就可能尽早发现水牛疑似感染病例。未进行基因检测最终导致了日本错失尽早采取对策的良机。
据日本媒体报道，宫崎县日前爆发的猪、牛感染口蹄疫的病毒与香港今年早些时候确认的疫情病毒99.22%一致。
日本农林水产省委托英国的研究机构对病毒的基因排列等情况进行分析对比，结果发现，宫崎县的病毒还与韩国的病毒98.59%一致。
农林水产省表示“有关感染源与传播途径尚无可奉告”，但病毒如此相似使疫情经由上述某些地区传入日本的可能性再度上升。
一位分析人士对《财经》记者指出，口蹄疫疫情扩大后，日本政府才改变了“官房长官平野博文曾表示应对没有迟缓”的态度，于17日成立了由首相鸠山由纪夫直接领导的对策本部。而且，农林水产大臣赤松广隆在得知宫崎县的口蹄疫疑似病例后，还于4月30日出访中南美，5月8日回国后，并没有直接去疫区，因此舆论对赤松的批评声也较大。“就口蹄疫疫情的政府应对方面，鸠山政府也有应对失误之处。”