夏秋季水灾过后，要搞好猪舍的环境卫生，消灭苍绳，以控制疾病传播，做到“大灾之后无大疫”。
物理除蝇法
粪便清理清除粪便，特别注意死角中的粪便和污水，及时拉走或堆积发酵处理，尽可能保持猪粪便干燥。
控制舍内温度苍蝇产卵后，一般在湿度35%以上才能孵化成幼虫，最佳孵化湿度为70%，保持栏舍通风干燥是控制苍蝇繁殖最好的办法。
舍内水分来源于饮水器，为控制舍内湿度，清洗饮水器时要小心，免致溢出地面。饮水器破烂漏水，立即更换，并把漏水清干。饮水槽出水口用胶管套上，把流出的水引入水沟流出舍外。使用饮水槽时，水槽的水位不要太高，保持有0.5厘米深的长流水水位即可。舍内冲洗时，要把水扫净，打开门窗，加大通风量，使舍内地面迅速吹干。
严防蝇蛆逃出粪坑蝇蛆老化后，一定要爬出粪坑，钻入干燥的墙缝或舍外松土内，才能化成暗红色的围蛹，围蛹再过几天羽化为有翅的成蝇。如把舍内地面破孔和墙脚破缝补好，猪舍的周围筑上坚实的水泥，再撒上石灰或杀虫粉，这样老化蛆就跑不出去，在蛆的阶段将其自然毁灭。
化学除蝇法
杀幼虫剂高效杀幼虫剂主要作用于苍蝇发育过程中的幼体阶段，施药2周后才能看到效果。这类杀虫剂可以直接喷洒在猪舍的粪便上或者喷洒在清除粪便后的地面上。
杀成虫剂杀成虫剂可以快速杀灭苍蝇。经常使用的杀成虫剂有有机氯类如三氯杀虫酯，有机磷类如杀螟松、倍硫磷、马拉硫磷，氮基甲酸酯类如80%虫威酯类混合，拟菊酯类和氨基甲酸酯类混合，拟菊酯类如溴氰菊酯。
施药方法在蝇类喜欢停落之处，将有残效、可触杀的杀虫剂，常量喷洒或涂抹、粉刷，使杀虫剂有效成分按一定剂量，均匀地附着在蝇类停留面上。当苍蝇爬行或栖息在这样处理过的表面时，可以接触吸收杀虫剂中毒而死亡。
用杀虫气雾剂或弥雾剂进行空间喷洒，使苍蝇直接沾着药剂雾粒而中毒死亡，适用于快速杀灭蝇类。
利用家蝇在室内喜欢停留在绳索悬挂物上的习性。用棉绳、麻绳等浸泡在有机磷或长效拟除虫菊酯类杀虫剂中，待绳索吸饱药液后，取出晾干，悬挂在栏舍等处的屋顶或天花板上。